Da će se karijera generala Lukića ukrstiti sa protokolima Haškog tribunala videlo se već 26. marta 1999. godine kada je bivša tužiteljka Luiz Arbur i generalu Sretenu Lukiću, kao i nekolicini najviših državnih funkcionera, uputila pismo protesta i opomene u kome ih poziva da spreče dalje činjenje zločina

      Kada je nova vlada 30. januara 2001. godine za načelnika Resora javne bezbednosti imenovala generala Sretena Lukića, navukla je na sebe bes svih onih koji su se spremali da na svaki način pomognu Srbiji. Osim što je važio za policijskog generala odanog Slobodanu Miloševiću, Lukić je ostao zapamćen i po čuvenoj aferi prisluškivanja, koju je za vreme sukoba na Kosovu sprovodila vašingtonska Nacionalna agencija za bezbednost, a njena otkrića uoči pregovora u Rambujeu štampao "Vašington post". U objavljenom navodnom razgovoru potpredsednik savezne vlade Nikola Šainović, jedan od Miloševićevih ključnih ljudi za kontrolu na terenu, i general Lukić razgovarali su o planiranju i kasnije prikrivanju zločina koji se dogodio u Račku. U tekstu je bio i navodni citat rečenice koju je Lukić tada izgovorio: "Gazite ih još."
       Nakon Lukićevog postavljenja na mesto načelnika žestoko su protestovali međunarodna organizacija za ljudska prava "Hjuman rajts voč" i beogradski Fond za humanitarno pravo, zbog toga što je Lukić tokom 1998. i 1999. godine bio načelnik Štaba MUP-a Srbije u Prištini i direktno je rukovodio policijskim akcijama na Kosovu. Naročito su rezultati njegove "kosovske misije" boli oči, jer su svedočili da je tamo dobro obavio posao. Povodom Dana bezbednosti, 13. maja 1999. godine, Lukić je ukazom predsednika Srbije Milana Milutinovića "zbog angažovanja na suzbijanju šiptarskog separatizma" unapređen u čin general-potpukovnika, a 7. jula 1999. godine Slobodan Milošević ga je odlikovao Ordenom jugoslovenske zastave prvog reda. Po povratku sa Kosova Lukić je bio pomoćnik načelnika Resora javne bezbednosti, a prilikom dodele odlikovanja pripadnicima MUP-a bio je lični izaslanik predsednika Miloševića.
       Da će se karijera generela Lukića ukrstiti sa protokolima Haškog tribunala videlo se već 26. marta 1999. godine kada je bivša tužiteljka Luiz Arbur uputila pismo protesta i opomene na adrese jugoslovenskih zvaničnika u vezi sa eskalacijom nasilja na Kosovu. U tom pismu Arbur je upozorila Slobodana Miloševića, Mirka Marjanovića, Milana Milutinovića, Nikolu Šainovića, Momira Bulatovića, Frenkija Simatovića, Dragoljuba Ojdanića, Nebojšu Pavkovića, Sretena Lukića, Ljubinka Cvetića, Radomira Markovića, Zorana Sokolovića i Vlajka Stojiljkovića da "spreče dalje činjenje zločina od strane potčinjenih, kao i da preduzmu neophodne korake radi kažnjavanja potčinjenih koji su učinili povrede međunarodnog humanitarnog prava".
       Krajem 2001. godine generala Sretena Lukića su počeli spominjati zvaničnici Haškog tribunala i dugo se nije znalo da li je osumnjičen, optužen ili se protiv njega samo vodi istraga. Na kraju je, ipak, rečeno da se zajedno sa načelnikom Generalštaba Vojske Jugoslavije generalom Nebojšom Pavkovićem i još šestoricom oficira VJ i MUP-a zbog zločina počinjenih na Kosovu i Lukić nalazi pod istragom Haškog tribunala, a da li će biti optužen zavisiće, naravno, od ishoda istrage.
       Odgovore na barem neka pitanja o "slučaju Račak" NIN je pokušao da dobije od generala Lukića, ali je on mesecima izbegavao razgovor. Umesto njega o istrazi koju je Haški tribunal pokrenuo protiv prvog čoveka Javne bezbednosti govorio je ministar policije Dušan Mihajlović: "Za nas ovo nije nikakvo iznenađenje, jer to je ta nesretna komandna odgovornost koju primenjuje Haški tribunal, i želja da prikupe što više dokaza protiv Slobodana Miloševića." Ministar policije je branio Lukića i kada su se protivili njegovom imenovanju na mesto načelnika, tvrdeći da je "dobar profesionalac, školovan i obučen za obavljanje svog posla".
       Iako se tvrdi da je Lukić na mestu načelnika Resora javne bezbednosti bio izbor premijera Zorana Đinđića, ovaj ga, barem verbalno, nije dostojno branio. Na brojna pitanja kako su mogli na tako važno mesto postaviti čoveka koji će možda odgovarati za zločine na Kosovu, premijer je rekao: "Za nas je to mnogo manji problem, nego da je uključen u neki lanac dilera drogom, naftom, oružjem, da ima butike i parfimerije po Beogradu ili to što imaju drugi policajci. Tako da od onih koje smo imali na raspolaganju on je bio najprikladniji, uz svu svest o tome da nije anđeo."
      
       General
       SRETEN LUKIĆ