Govoreći 1990. godine o vladinom nasilju i represiji u Salvadoru, Voker je ispoljio naročitu opreznost: "Ne opravdavam to, ali u vremenima kao što je ovo u kojima ima mnogo emocija i besa, stvari kao što je ova (ubistvo šestorice jezuitskih sveštenika, domara i njegove 15-godišnje kćerke) ipak se događaju"

      Sležući ramenima na izjave svedoka da su jezuitske sveštenike u Salvadoru pobili ljudi u vojnim uniformama, Voker je masačusetskom senatoru Džou Moukliju rekao da "svako može obući uniformu i da to što su ih oni imali na sebi nije dokaz da su vojnici".
       Te 1989. godine Vilijem Voker bio je na položaju američkog ambasadora u Salvadoru, u kome je od ranih osamdesetih godina 75 hiljada ljudi poginulo u građanskom ratu. Desničarski "eskadroni smrti" pobili su hiljade ljudi pod izgovorom da žele da eliminišu "levičare". Pobunjenički Front nacionalnog oslobođenja Farabundo Marti vodio je gerilski rat protiv vojnog režima koji je uživao snažnu podršku američke administracije pod predsednikom Ronaldom Reganom, delom i zbog toga što je salvadorska hunta pomagala antisandinistički pokret u susednoj Nikaragvi.
       U novembru 1989. godine uniformisani članovi salvadorske vojske ubili su šest jezuitskih sveštenika, njihovog domara i njegovu 15-godišnju kćerku, raznevši im glave hicima iz neposredne blizine. Sveštenici su bili protivnici režima i pristalice pokreta "zemlja seljacima". Na osnovu kasnije dostupnih izveštaja iz američkog Nacionalnog arhiva obelodanjeno je da je ambasador Voker znao da je salvadorska vojska bila odgovorna za masakr, jer mu je na to ukazao američki major na službi u ambasadi SAD u San Salvadoru. Ipak, u ovoj "humanitarnoj misiji" Voker je procenio da bi objavljivanje ove činjenice ugrozilo pregovore između vlade i pobunjenika. Zbog toga je senatoru Moukliju rekao da su ubistva možda počinili levičarski gerilci koji su za tu priliku obukli salvadorske vojne uniforme. Govoreći tada o vladinom nasilju i represiji u Salvadoru, Voker je ispoljio naročitu opreznost: "Ne opravdavam to, ali u vremenima kao što je ovo u kojima ima mnogo emocija i besa, stvari kao što je ova ipak se događaju".
       Prikrivanje istine o masakru jezuitskih sveštenika nije imalo ozbiljnih posledica po njegovu karijeru. Doduše, Kongres SAD nije nikada razmatrao njegovo imenovanje za ambasadora u Argentini, za šta ga je predložio Džordž Buš u maju 1992. godine. Buš je u jesen te godine izgubio izbore, a njegov naslednik Klinton setio se Vokera kada je trebalo zameniti generala Žaka Klajna u istočnoj Slavoniji. Postavljen je za šefa UNTAES-a, a o svojoj tamošnjoj misiji Voker je za jedne domaće novine rekao da je tamo samo pokušao da pomogne Srbima. "To me veoma boli, povređuje me što danas Srbi misle da sam učinio nešto da bih naudio Srbiji. To nije tako", žalio se Voker.
       Novinar londonskog "Gardijana" je 2. juna 1999. godine napisao da je sa ovakvom Vokerovom prošlošću neverovatno što ga je američka administracija izabrala za šefa posmatračke misije na Kosovu na osnovu bilo kakvog naloga za uspostavljanje ljudskih prava. Voker nije imao iskustva u tom regionu koje bi ga kvalifikovalo za vođu tima. "Verovatnije je da je na osnovu svoje karijere izabran zato što je bio spreman da kaže sve što je vlada tražila od njega i da ćuti kada je od njega traženo da ćuti", napisao je novinar "Gardijana".
       Svoju želju da ponovo poseti Kosovo, gde je upoznao "divne ljude svih etničkih pripadnosti", Voker je ispunio u junu prošle godine, kada mu je u Račku "ukazana velika počast i odato priznanje za zasluge oko pripreme terena za ulazak mirovne misije na Kosmet". Želja da poseti Beograd nije mu se još ispunila. O tome Voker kaže: "Ako bi me predsednik Koštunica pozvao, ja bih došao, ali s obzirom na te emocije, možda bih taj san trebalo da odložim na neko vreme."
      
       VILIJEM VOKER