U jesen 1990. godine osnovana je komisija koja je trabalo da ispita Stanišićev rad, preciznije rečeno da proveri njegovu lojalnost. "Nema ništa gore, nego kada ti u Službi organizuju komisiju. Zoran Janaćković je bio protiv Jovice i ko zna koliko ga je dugo držao pod merama (praćenje, prisluškivanje...napomena novinara). Zoran Sokolović je tada bio na Jovičinoj strani", kaže Stanišićev saradnik.
       Možda je povratku poveranja najviše doprineo sam Stanišić. Kada se Slobodan Milošević debelo uplašio za sopstvenu vlast i izdejstvovao da tenkovi izađu na beogradske ulice 9. marta 1991. godine, nekadašnji student generacije Fakulteta političkih nauka ušao je u Skupštinu Srbije na zadnji ulaz, uhapsio Vuka Draškovića - čoveka od čije je volje zavisilo ko će vladati Srbijom - i ... zatražio da mu donesu konjak u sobu koju u Skupštini koristi obezbeđenje i koja se nalazila odmah pored novinarske sobe. Znao je da je uradio užasno važan posao. Zahvalnost je dočekao 31. decembra kada je postavljen za šefa Državne bezbednosti, rešenje je dobio dan kasnije 1. januara 1992. godine.
       Miloševiću tada nimalo nije smetalo što Bačkopalančanin nije član njegove Socijalističke partije Srbije, što nikada neće ni biti. Ali je svakako shvatio da gubi svog "vrhovnog špijuna" (kako je Zapad zvao Stanišića) kada ga je ovaj sa suzama u očima upitao zašto je tek u 18. minutu "Dnevnika" Televizije Srbije objavljeno da je napadnuta zapadna Slavonija. "A šta bi pomoglo da je ranije objavljeno", uzvratio je Milošević, čovek za koga su onoliki Srbi tvrdili da je em pametniji, em značajniji, em veći Srbin od Svetog Save, Karađorđa, kneza Miloša Obrenovića, Vuka Karadžića, Nikole Pašića...
       Oni koji su znali ovaj dijalog, mogli su da pretpostave da u odlasku Stanišića u Bosnu, prvo, u leto da oslobodi 150 talaca koje su uzeli Radovan Karadžić i Ratko Mladić kako bi izbegli bombardovanje Republike Srpske i drugo, u decembru 1995. godine, da oslobodi francuske pilote oborene u bombardovanju Republike Srpske ima i te kako pokazivanja i dokazivanja samostalnosti, već samom činjenicom da prvi čoveka tajne policije Srbije izlazi pred televizijske kamere i izgovara "Mdž name is Jovica Stanisic...". ( U decembru je Stanišić morao da odleti helikopterom u Hercegovinu, Ratku Mladiću na noge. U povratku, uređaji na helikopteru su počeli da otkazuju i pad letelice je čudom izbegnut.)
       Mnogo je veći dokaz samostalnosti i hlađenja prema Miloševiću bio kada je na prijemu za Dan policije, 13. maja 1996. godine, Stanišić jasno i glasno rekao "Ne znam da li smo pobednici ili smo pobeđeni..." Čista jeres. Milošević mu je ubrzo otvoreno rekao da sumnja u njegovu odanost. "Ti ovo možeš da zaustaviš, ali nećeš" rekao je predsednik Srbije šefu tajne policije, misleći na neprekidne demonstracije zbog izborne krađe u jesen 1996. godine. "Ne mogu da otklonim uzroke", uzvratio je Stanišić. Njegov intimus, koji prepričava ovaj razgovor, tvrdi da bivši šef de-bea u svoje najveće uspehe ubraja što tada nije izbio građanski rat u Srbiji, pošto je deo vlasti doneo odluku da "ide na krv". Stanišić je tada u "Tajmu" zaslužio naslov "Čovek iza ludila" i blagonaklonu priču o tolerantnom moćnom čoveku zahvaljujući kojem u Srbiji nema otvorene diktature.
       U proleće 1998. godine bilo je jasno da se samo čeka povoljna prilika da se broj 1 liši usluga broja 2. Već tada je Stanišić izdvojio Jedinicu za specijalne operacije iz akcija na Kosmetu. Onda je u leto, prilično burno reagovao na sastanku kod Miloševića, koji je napustio sasvim rezigniran, shvativši da ga broj 1 više ne sluša.
       I u oktobru, Milošević se lišio usluga čoveka koji je "znao od čega Srbi žive i od čega umiru".
       Smenjeni Stanišić je medijima dostavio izjavu u kojoj navodi da je na dužnosti šefa de-bea bio u zamršenim istorijskim, spoljnopolitičkim i nacionalnim prilikama. "Služba je pod mojim rukovodstvom delovala sa ustavnim i zakonskim ovlašćenjima, a pod stalnom kontrolom Vrhovnog suda Srbije... Služba je svoj rad i odgovornost koji iz toga proizlazi vezivala prevashodno za instituciju predsednika Srbije."
       Nesporazumi se nastavljaju i posle smenjivanja. Lekarima na VMA je zabranjeno da leče teško obolelog Stanišića, 1999. godine. Bolest je čudna, ne zna joj se uzrok, i koštala je Stanišića odstranjivanja polovine stomaka. Uz to je "zaradio" i tromb.
       Onda je 2000. godine oko 120 policajaca upalo na posed na Dunavu na granici gde je Stanišić sa prijateljima uzgajao razne životinje. Neko je mislio da on tu priprema teroriste. Zatečen je samo lovočuvar. Doduše, u obližnjoj Rumuniji bila je jedna grupa engleskih sasovaca.
       A u leto te godine je puštena priča da Milošević nudi Stanišiću da bude ministar policije tri meseca, a da onda bira hoće li biti predsednik Srbije ili Jugoslavije, kao - rešio Milošević da ima svog Putina. Novinar Aleksandar Tijanić je tada za Radio B92 rekao da je Stanišić teško bolestan i da nema političkih ambicija.